Le grand-orgue et l’orgue de chœur ont été commandés au prestigieux facteur, Aristide Cavaillé-Coll (1811-1898), déjà connu par de nombreux instruments en province (Cathédrales de Quimper, de Saint Brieuc, de Laval, de Toulouse, de Perpignan, de Carcassonne, d’Ajaccio etc.), et surtout par ses instruments parisiens : le grand-orgue de la Basilique de Saint-Denis (1841) et celui de La Madeleine (1846), encore construits avec son père, puis ceux de Saint-Vincent de Paul (1852) et de Sainte-Clotilde (1859), construits par lui seul. Quand il se lance dans la construction de celui de Saint-Bernard, il a en cours de fabrication l’orgue de l’église Saint Sulpice, qui sera inauguré en avril 1862. Les 25 jeux de Saint Bernard sont bien peu comparés aux 100 jeux de l’orgue de Saint Sulpice, qui restera près d’un siècle le plus grand orgue de France, mais il ne sont pas moins exceptionnels a bien des titres !